Los programas de los siete países del proyecto en su totalidad están siendo ejecutados por una gran cantidad de grupos de interés, incluyendo el gobierno con sus secretarías (en particular de recursos naturales y agricultura), institutos de investigación, universidades, escuelas técnicas y ONG's.

En cada país los grupos de interés incluyen a un equipo interdisciplinario de científicos que trabajan en taxonomía, ecología, valuación económica de la BGBD, desarrollo rural y manejo del suelo en ecosistemas agrícolas, bosques y otros ecosistemas. Los otros actores, y tal vez los más importantes para la sostenibilidad del proyecto son los practicantes de campo o campesinos y los tomadores de decisiones. Sin embargo todos los interesados comparten el objetivo de incrementar la conciencia de la necesidad de conservar la BGBD y sus beneficios potenciales para la producción agrícola y la conservación de áreas prístinas

La supervisión completa del proyecto se lleva a cabo por el comité consultivo (PAC)* del proyecto BGBD, el cual comprende científicos reconocidos de cada país y de organizaciones internacionales que trabajan en la interfase entre la agricultura, la ecología del suelo y el medio-ambiente. Además hay otras personalidades que aconsejan al proyecto en cuestiones técnicas especializadas. El proyecto es ejecutado por el TSBF-CIAT y, por lo tanto, se reporta al Comité Directivo del TSBF-CIAT. El Comité Conductor del Proyecto (PSC), responsable de la ejecución completa del proyecto, se conforma del Coordinador del Proyecto (PC), un representante del GEF, el Director del TSBF, y los Coordinadores de Programa de cada país participante. El coordinador internacional del proyecto (Jeroen Huising) se ubica en el cuartel general del proyecto (GCO), mismo que esta en la cede del TSBF-CIAT en Nairobi, Kenia, y es apoyado por servicios de manejo administrativo, financiero y de información ofrecidos por el Personal Facilitador del Proyecto.

* Las abreviaciones provienen de los nombres en inglés